Sur Kamigawa, les habitants du plan se virent plongés dans une guerre brutale contre leurs propres dieux.

Ce plan, ressemblant au Japon de l'ère sengoku, est constitué en fait de deux mondes symbiotiques. L'un d'eux est utsushiyo, le royaume matériel des mortels, et l'autre est kakuriyo, le royaume des kami. Pendant des siècles, les habitants de Kamigawa avaient vénéré les esprits présents dans toute chose : les lieux sacrés, les objets et même les idées.

Chacun de ces kami était une divinité, et pour atteindre le bonheur et la sérénité, il suffisait de les honorer et de suivre leurs lois. Les habitants de Kamigawa menaient une vie de dévotion heureuse et prospère. Puis, l'impensable se produisit : leurs dieux se retournèrent contre eux.

Lentement, subtilement, les kami prirent forme dans le monde matériel. Certains sages crurent d'abord qu'il s'agissait d'un message ou d'un avertissement. Mais leur soudaine apparition était si étrange, si irréelle, que personne n'en comprenait vraiment la signification.

À cette époque, le seigneur de guerre le plus puissant du plan, le daimyo Takeshi Konda, régnait sur les plaines de Towabara depuis sa forteresse d'Eiganjo. Mais, alors que ses armées et ses samouraïs prenaient le contrôle de nouveaux territoires en son nom, les kami se manifestèrent en plus grand nombre.

Puis survint la nuit qui changea Kamigawa pour toujours. À quelques lieues seulement du château d'Eiganjo, les kami attaquèrent la ville de Reito. Une véritable vague de monstruosités issues du monde spirituel déferla sur la bourgade, tuant la quasi-totalité des êtres vivants sur son passage. Il y eu des centaines de morts, et à peine une poignée de survivants. La Guerre des kami avait commencé.

Pendant les vingt années qui suivirent, des esprits de toutes tailles et de toutes formes descendirent sur les plaines, ravageant tout sur leur passage tels une nuée de sauterelles, et s'arrêtèrent de manière inexplicable au pied d'Eiganjo. Pendant toute la durée du siège du monde spirituel, Konda demeura dans sa forteresse, mystérieusement épargnée.

Les peuples de Kamigawa, luttant pour survivre, se demandaient pourquoi les kami les avaient trahis. Qu'avaient-ils fait de mal ? Comment découvrir ce qui avait déclenché la colère des kami ? Et qu'arriverait-il à un monde qui doit tuer ses propres dieux pour survivre ?

En vérité, c'est le fier daimyo Konda qui déclencha la guerre. Aidé par des alliés lunaréens, Konda enleva un kami pour obtenir de lui puissance et immortalité. Cet acte offensa le grand O-Kagachi, le kami de toutes les choses. Sa rage déclencha un conflit qui ferait d'innombrables victimes.

Ironiquemenent, ce furent les machinations égoïstes de l'ochimusha appelé Toshiro Umezawa qui plantèrent le décor de la fin de la guerre des Kami. Seule l'intervention de Michiko, la fille de Konda, et du kami kidnappé, une entité qui se donnait le nom de Kyodai, finirent par satisfaire les kami et restaurer une paix fragile sur les terres de Kamigawa.